La labor de la Fundación Gizakia ha sido reconocida con diversos premios:

• Premio "SABINO ARANA 1990" a la iniciativa humanista.
• Premio "SUSTATU" de la mano del Gobierno Vasco en 1991, por su labor de tratamiento y rehabilitación de personas toxicómanas.
• Premio de la Fundación TONETTI a la labor humanitaria, en 1997.
• Premio UTOPIA al trabajo con la juventud, de la Diputación Foral de Bizkaia, en el año 1998.
• Certificado de calidad PREMIE, otorgado por la Diputación Foral de Bizkaia en el año 2007
• Premio ITUN 2004, a la mejor experiencia de proyectos innovadores de incorporación sociolaboral de personas excluidas del mercado de trabajo.
• Diploma al trabajo realizado en la lucha contra el SIDA otorgado por la Academia de las Ciencias Médicas en 2006.
• Premio El Correo Digital 2008 a la mejor web asociativa.